Sindsdien werkt hij bij het NIOZ-Yerseke (voormalig NIOO-CEME) aan de ecologie van getijdenwetlands in estuaria en delta's.
Bouma heeft een sterke belangstelling voor het overschrijden van de grens tussen fundamenteel en toegepast onderzoek en bekleedt zowel een honorair hoogleraarschap aan de Rijksuniversiteit Groningen als een lectoraat aan de HZ.